ゆっくり系をする場合、魔理沙と霊夢さんは使用して良いのでしょうか?自分で調べましたが、ゲームからでたキャラクターで使用許可がでていると書いてました。

結論からお話しますと、「基本非営利での使用のみですが、ルールを守ればYouTube等の広告収集による収益化は問題ありません。」
※東方Projectの二次創作である事を明記すること等、細かな規約があります。

著作権関連についてはこちらの動画がわかりやすいかと思います。
https://youtu.be/yib_KiAoXVM
こちらの動画は、実際に「東方Project」を制作しているZUNさんやゆっくりを生み出した方々に著作権について聞いてみたという内容となっています。

こちらの二次創作ガイドラインには、動画では説明しきれなかった細かな内容も記載されています。
https://touhou-project.news/guideline/
こちらも合わせてお読みください。

また、キャラ素材側にもそれぞれ利用規約がありますので、そちらもお読みください。

最後に、ゆっくりによる収益化はZUNさんのご厚意や今までのゆっくり実況者の協力があってこそです。
二次創作ガイドライン、キャラ素材の利用規約を遵守した上、常識の範囲内で使用していただくよう、お願いいたします。