発音なのですが、単語・発音辞書で発音のところに変更したい言葉を入れて有効にもチェックを入れましたが、全く変わりません。

やりたいことは発音辞書の方ではなく、単語辞書の方かと思われます。

【単語辞書】
特定の単語の読みを登録する。
例：YMM4 → ゆっくりムービーメーカー

【発音辞書】
特定の発音の矯正をする。
例：たんご/はつおん/じしょ → たんご+はつおん+じ’しょ
※発音ルールの詳細はAquesTalk音声記号列仕様書をご参照ください。
https://www.a-quest.com/archive/manual/siyo_onseikigou.pdf

単語・発音辞書の登録は下記のサイトをご覧ください。
https://manjubox.net/ymm4/faq/%E3%82%86%E3%81%A3%E3%81%8F%E3%82%8A%E3%83%9C%E3%82%A4%E3%82%B9/%E5%8D%98%E8%AA%9E%E7%99%BA%E9%9F%B3%E8%BE%9E%E6%9B%B8/

「1日」という単語を登録する場合を例に、登録方法を説明させていただきます。
※以降、共有させていただいたYMM4公式サイトの「単語の読みや発音を登録する」の内容とほぼ同じ内容となっています。

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【単語辞書に登録する場合】
まずセリフとしては「1日」と入力するため、変換前には「1日」と登録します。
変換後には単語の読みを入力します。
今回の場合、「1日」は「いちにち」と読ませたいため、変換後には「いちにち」と登録します。
変換前：1日
変換後：いちにち
※YMM4は半角／全角の区別もしますので、半角／全角を意識して登録してください。
例：「1日」（半角）と「１日」（全角）は別の単語として判定します。

【発音辞書に登録する場合】
変換前にはセリフの発音をAquesTalkの音声記号形式で入力します。
「1日」というセリフをボイスアイテムにした場合、発音はデフォルトでは「」になります。
そのため、変換前には「」と登録します。
変換後には実際にどう読ませたいのか、AquesTalkの音声記号形式で入力します。
今回の場合、「1日」は「いちにち」と読ませたいため、変換後には「いちにち」と登録します。
※アクセント等発音を矯正したい場合は「いちに’ち」等、AquesTalk音声記号列仕様書のルールに従って登録してください。
変換前：
変換後：いちにち