まずは変換ツールがダウンロードしたキャラ素材に対応しているかご確認ください。
キャラ素材はさまざまな人が制作しており、製作者ごとに画像ファイル名等微妙に異なります。
そのため、キャラ素材に対応した変換ツールでないとエラーが発生してしまいます。
例：きつねゆっくりの場合、きつねゆっくり用の変換ツール以外は使用できません。
次に、変換ツールの使用方法は合っていますか？
「指定したファイルが見つかりません」と表示されるということは、変換しようとしている画像ファイルが見つからないということです。
変換ツールに同梱されている「readme.txt」記載通りのフォルダ構成でないと、上記のエラーとなります。
それでもできない場合、変換ツールを使用せず、下記URLの手順で変換してください。
そもそも変換ツールだよりだと、変換ツールに対応していないキャラ素材を自力で変換することができません。